Mientras buscaba la solución al problema con [FlexBuilder] en la página de [justRia] encontré un tema interesante y que le puede pasar a cualquiera y es que al momento de terminar una aplicación AIR y subirla al servidor para que tus usuarios puedan bajar e instalar el aplicativo, es necesario tener bien configurado el mime-type para el aplicativo AIR (recordar que los archivos .air finalmente son archivos .zip)

A continuación traduzco (y cambio alguna frases para darle sentido mas Latino) lo que he leído en la página de justRIA:

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Si tu ejecutas APACHE, agregar el correcto MIME type es simple:

AddType application/vnd.adobe.air-application-installer-package+zip .air

Como siempre: Gran problema, fácil solución, este seteo es absolutamente vital!.
”